Entre las principales causas de la contaminación del suelo están los depósitos de desechos peligrosos directamente en él, siendo los principales contaminantes los hidrocarburos y sus derivados. ¿Por qué son peligrosos? Porque una parte de nuestros suelos son de origen volcánico y la otra son de origen calcáreo y ambos tipos son muy porosos, llegando estos productos a los mantos acuíferos por el efecto de la lluvia.
Otra causa de contaminación del suelo es el uso y abuso de los agroquímicos, entre los que pueden citarse fertilizantes, insecticidas, herbicidas, fungicidas y nematicidas ya que la mayoría de ellos tienen un promedio de vida residual de 30 años. Esto quiere decir que las plantas sólo aprovechan un poco, lo que queda en el suelo comienza a filtrarse por efecto de la lluvia hasta que llegan a los mantos acuíferos donde comienza a acumularse y a formar pare del ciclo de agua.
Si consideramos que otras actividades se hacen a nivel mundial, que las aguas del planeta se mezclan en algún momento del ciclo, que estos productos tienen muy larga vida, que hay algunos productos que no sólo se filtran, sino una parte de ellos también se evapora y contamina al mismo tiempo el aire, comprenderemos un poco más la magnitud del problema.
Uno de los contaminantes que afecta tanto al suelo como al aire es el nitrógeno, esto procede de los fertilizantes químicos y orgánicos, una parte de él se queda en el suelo, ahí se va transformando a compuestos nítricos, sólo una pequeña porción es asimilada por la planta, pero no pueden ser retenidos en el suelo porque la lluvia los va lavando y filtrando hasta incorporarse como contaminantes a las corrientes subterráneas o a los mantos acuíferos.
Otra parte del nitrógeno que proviene de los fertilizantes, se volatiliza hacia la atmósfera y se descompone en óxidos nitrosos y óxidos nítricos, éstos contribuyen a la formación de ozono en la troposfera, y cuando se mezclan con el agua que constituyen las nubes, forman lo que conoce como lluvia ácida que al caer, afecta a los vegetales porque los va quemando y los va debilitando, haciéndolos susceptibles a que contraigan enfermedades o a ser atacados por algunos insectos plaga, de manera que se ponen en riesgo nuestras fuentes de oxígeno. Otra acción de la lluvia ácida es corroer las estructuras metálicas.

éstos contribuyen a la formación de